念珠有各种不同颗数，各有不同象征意义，一百零八颗表示证人百八三昧，断除百八烦恼。一千零八十颗表示百八三昧各具百八三昧，或金刚界一百零八尊中各具一百零八尊，五十四颗表示十信、十住、十行、十回向、十地及四善根因地等五十四位；四十二颗表示十住、十行、十回向、十地、等觉、妙觉等四十二位；二十七颗表示十八学人与九无学；二十一颗表示十地、十波罗蜜及佛果；十四颗表示观音之十四无畏。
持念珠的本尊为毗俱胝菩萨，梵名音译为毗哩俱胝，有蹙眉之意。其密号为降伏金刚、定慧金刚、除障金刚，相传是由观世音菩萨忿怒时的皱纹所出生。在胎藏界曼荼罗中，此菩萨居莲华部院（观音院）内，三昧耶形为数珠鬘，印相为毗俱胝印。
此尊身形为身呈肉色，现四臂相，左一手持莲花（或有说莲花上有梵笑），次手持瓶，右一手结施无畏印，次手持念珠，着羯磨衣，端坐青莲花（或有说赤莲花），额上有眼。而火天的眷属婆薮大仙，从胎藏界外金刚部院东方中，尊形为身呈赤肉色，裸露上身，右手持莲花，左手持数珠。藏密的四臂观音亦以念珠为持物。